L'histoire de Noise se déroule dans le futur, vraisemblablement dans le même univers que Blame ! : le monde est alors régi par une cyber-entité omnisciente, qui pourrait être un dérivé du net. L'héroïne, Susono Musubi, est une inspectrice qui enquête sur une mystérieuse affaire de disparitions d'enfants, en compagnie de son collègue Clauthor. Mais en cours d'investigation, ils sont attaqués par un groupe se faisant appeler " The Cult "...